Erre a beavatkozásra általában akkor kerül sor, amikor a fogat egy komolyabb sérülés éri, például egy baleset következtében roncsolódik, vagy olyan mélységig hatol le a károsodás, melyet már fedőtöméssel nem lehet biztonságosan orvosolni.

Ezekben az esetekben a fogorvos leszedi a tömést (ha az még a helyén van), és speciális eszközökkel eltávolítja az érzékenységet, fájdalmat okozó ideget, idegeket. Majd, talán az egész művelet legfontosabb részeként, alaposan megtisztítja a gyökércsatornát és a károsodott részt, eltávolítva a későbbi gyulladást okozó faktorokat.

Ezt követően pedig lezárja a gyökércsatornát, csatornákat, és tömi vagy pótolja a koronát.

Természetesen a gyökérkezelés módja nagyban függ az adott fog típusától, elhelyezkedésétől és a probléma milyenségétől, ezért a fenti leírás csak amolyan ismertetőnek szánjuk, minden esetben, amikor a gyökérkezelés felmerül, személyre szabott konzultáción tájékoztatják orvosaink a lehetőségekről, eljárásmódról pácienseinket.